Las orquĂdeas u orquidĂ¡ceas son una familia de plantas monocotiledĂ³neas que se distinguen por la complejidad de sus flores y por sus interacciones ecolĂ³gicas con los agentes polinizadores y con los hongos con los que forman micorrizas.
library(sf)
library(raster)
library(dplyr)
library(spData)
library(leaflet)
library(plotly)
library(DT)
library(tidyr)
orq <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
asp <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
st_crs(asp) = 4326
st_crs(orq) = 4326
orq$species[orq$species == ""] <- "En Blanco"
orq <- orq %>%
filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) & coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)%>%
filter(species!="En Blanco")
asp <- asp %>%
filter(descripcio!="Area Marina de Manejo" & descripcio!="Area marina protegida")
asp_registros <-
asp %>%
st_make_valid() %>%
st_join(orq) %>%
group_by(nombre_asp) %>%
summarize(especies = n_distinct(species,na.rm = TRUE))
# Paleta de colores
colores_registros <-
colorNumeric(palette = "##1c9099",
domain = asp_registros$especies,
na.color = "transparent")
# Paleta de colores
colores_especies <-
colorNumeric(palette = "#8856a7",
domain = asp_registros$especies,
na.color = "transparent")
# Mapa Leaflet
leaflet() %>%
addTiles(group = "OSM") %>%
addPolygons(
data = asp_registros,
fillColor = ~ colores_especies(asp_registros$especies),
fillOpacity = 0.7,
stroke = TRUE,
color = "black",
weight = 1,
popup = paste(
paste(
"<strong>Provincia:</strong>",
asp_registros$nombre_asp
),
paste(
"<strong>Cantidad de especies:</strong>",
asp_registros$especies
),
sep = '<br/>'
),
group = "Provincias - especies"
) %>%
addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
overlayGroups = c("Provincias - especies")) %>%
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_especies,
values = asp_registros$especies,
group = "Provincias - especies",
title = "Cantidad de orquideas")